肛瘘的治疗不应拖延，一旦简单的肛瘘变成复杂肛瘘而加大治疗的困难，将会增加患者的痛苦。
肛瘘是常见的肛周感染性疾病，其发生的原因多和肛周的感染密不可分，如肛周脓肿或肛窦炎等。这些均是发生肛瘘的原因，由于肛瘘在形成以后，是由内口、外口以及两者的瘘管组成。这种脓肿以及感染，如果不经过手术治疗，多很难治愈。肛瘘属于炎症性疾病，一般对患者也不会造成过大的特殊影响，但由于肛瘘会严重的干扰患者的日常生活，会对正常生活产生很大的不利。因此，也应及早的进行相关手术治疗，一般来说，肛瘘都经过肛瘘挂线疗法，使肛瘘彻底切开，新生的肉芽组织会从里向外的新生而治愈肛瘘。
肛瘘手术后需注意坚持换药，随时观察伤口的生长情况，如观察手术创面肉芽组织新鲜不新鲜，引流通畅不通畅，是否需要清创处理。