有巧克力囊肿怀孕以后不会导致胎儿畸形，不会影响胎儿的发育，但是巧克力囊肿如果比较大，影响到卵巢的分泌功能，影响到卵巢的黄体功能，就有可能会影响胎儿，导致流产的发生。这种流产通过保胎治疗相当成功，一般胎儿不会有畸形，也不会有异常。卵巢巧克力囊肿实质上就是子宫内膜异位到卵巢内，而形成的卵巢子宫内膜异位症。异位到卵巢内的子宫内膜组织，每个月随着卵巢雌孕激素的周期性改变，在卵巢内异位的子宫内膜，也会每个月增生、剥脱和出血。这种出血不能从阴道流出，只会在卵巢内形成血肿。随着出血的增多，每个月出一些血，最终就会在卵巢内形成巧克力样液体，形象的称作卵巢巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿是一个激素依赖性疾病，也就是说发病主要就是取决于雌孕激素的周期性改变。如果雌孕激素周期改变，不能够对子宫内膜产生剥脱和出血，巧克力囊肿这个疾病就会终止发展。从疾病的本质上来讲，怀孕对巧克力囊肿其实就有一定的治疗和控制病情发展的作用，有巧克力囊肿的孕妇，怀孕对本身病情有极大的好处，对胎儿也不会造成畸形的影响，只是要注意卵巢内黄体发育和女性体内孕酮的数值变化。如果发现黄体发育不良，孕酮数值偏低，就抓紧治疗，对胎儿不会有任何影响。