引起男性少精弱精症的原因，可以包括全身系统性的疾病、感染性的疾病、生殖系统的一些疾病、手术史以及一些环境因素，如职业生活习惯等。
先天性的遗传疾病，可以导致精子活力的丧失，比如说卡塔格纳综合征、囊性纤维化、梅干腹综合征，均可以导致一些影响男性生殖系统。全身系统性疾病，包括神经系统、心血管系统、消化系统、呼吸系统、内分泌系统、泌尿生殖系统以及造血系统的疾病。这些疾病可以包括，如维生素B12缺乏、慢性肾功能不全、肾衰、下丘脑疾病、垂体疾病。呼吸系统包括一些慢性鼻窦炎、慢性支气管炎，还有消化不良，感染性的疾病，包括睾丸炎、附睾炎。生殖功能的一些创伤性疾病和手术室也会导致睾丸功能的改变。一些药物包括抗高血压药、激素类药物、抗精神病类药、肿瘤的化疗药物也可以导致精子质量的减少。高温、高热等环境因素可以造成精子DNA的损伤，精神心理的状态，以及不良生活习惯，如吸烟、酗酒等均可以导致精子的活力以及质量的下降。