Ⅱ型呼吸衰竭的患者建议吸氧流量是1-2L/min，不能高流量吸氧，高流量吸氧可能会导致二氧化碳潴留进一步加重，甚至可诱发肺性脑病、昏迷而危及生命。
当患者确诊为Ⅱ型呼吸衰竭时，可选用无创呼吸机进行治疗，无创呼吸机无效的情况下，可以考虑有创呼吸机的治疗，同时要根据原发病给予相应的治疗。
例如患者时间为慢性阻塞性肺病而出现的Ⅱ型呼吸衰竭，可根据病情及临床症状给予抗感染、祛痰、平喘、止咳等相关的治疗。
如果患者是因为重症肺炎而出现的Ⅱ型呼吸衰竭，需要根据致病微生物给予相应的治疗。