乙肝小三阳如果出现肝炎的发作，可以出现低热、肝区胀痛、厌油、恶心、呕吐，甚至皮肤、巩膜黄染。这时要进行肝功能的检测，如果肝功能提示转氨酶升高、胆红素升高，需要进行抗病毒治疗。推荐的抗病毒药物包括恩替卡韦及替诺福韦，能够有效的抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且能降低肝癌的发生概率。
乙肝小三阳携带者肝炎发作不一定每次都有症状，因此建议小三阳携带者每半年定期进行肝病体检，如果体检当中，没有出现肝功能的异常，说明仍然是健康携带者。对于健康的携带者不需要任何药物治疗，如果在随访当中出现了肝功能异常，即使并没有任何症状，也需要进行抗病毒治疗。