牙龈萎缩的根本原因是牙槽骨的吸收，牙长在牙槽骨里面，就像是一棵树长在土里，当外界有细菌、不良的修复体刺激之下，会让牙槽骨变的越来越矮，也就是树的土变的越来越少。
牙槽骨上面覆盖的是牙龈，牙龈相对于牙槽骨的高度是固定的高度，当牙槽骨吸收，牙龈就会往下落，这就是牙龈萎缩。通常是因为牙周炎，牙槽骨吸收也就是牙周炎引起的牙槽骨破坏，要预防和治疗牙龈萎缩，就得先治疗牙周病。