乙脑减毒活疫苗高烧39℃的原因如下：
一、疫苗反应，宝宝接种乙脑减毒活疫苗以后可以出现疫苗接种反应，主要表现为发烧，宝宝出现高烧的情况也是可以的。所以要监测体温，如果体温39℃，需要积极的口服退烧药物治疗，如布洛芬、对乙酰氨基酚，间隔4-6小时口服一次。
二、受凉，宝宝外出接种疫苗的时候可能会出现受凉的情况。接种疫苗的时候可能会出现哭闹，哭闹以后出汗比较多，孩子也可能会出现出汗后受凉的情况，要监测宝宝的体温以及伴随症状。
三、交叉感染，宝宝外出的时候接种疫苗可能会接触其他的人，如果其他人有呼吸道感染的时候可能会出现交叉感染，宝宝也会出现被感染发烧的情况，这时候也要注意体温，口服退烧药物积极退烧。
宝宝出现发烧要积极退烧，观察孩子的伴随症状，如果高烧不退、精神差、皮疹，需要及时就诊。