大三阳病毒携带者本身情况并不是很严重，但是大三阳病毒携带者是肝硬化和肝癌的高风险因素，所以一旦发展成为肝硬化或肝癌，病情就严重了。大三阳病毒携带者，如果适合抗病毒治疗，应该尽早进行抗病毒治疗，抗病毒治疗目前首选干扰素、恩替卡韦、替诺福韦。
干扰素具有免疫双向调节的作用，既能降低病毒载量，又可以提高血清转换率，可以作为首选。干扰素的副作用比较大，主要是出现发热和流感样症候群的副作用，还有骨髓抑制的副作用，所以影响依从性。恩替卡韦和替诺福韦在抑制病毒作用上都非常强，但是恩替卡韦可能会出现耐药的风险，替诺福韦有肾毒性的反应。