肛周尖锐湿疣如果疣体比较小，可以使用药物治疗，比如外用鬼臼毒素酊、中药派克灵，或者是咪喹莫特乳膏等外擦，可以使局部的疣体逐渐的坏死、萎缩、脱落。如果疣体比较大，建议采取物理治疗，比如二氧化碳激光、冷冻、电离子灼烧等方式去除疣体，然后再配合抗病毒的药物，以及调节免疫力的药物来辅助治疗。
一般尖锐湿疣都需要重复多次治疗，才能最终将局部的HPV病毒清除干净，实现治愈。如果肛周的尖锐湿疣复发频繁，可以采取艾拉光动力治疗，光动力治疗能够明显的降低复发率，提高治愈率。在治疗期间要注意保持良好的生活作息，避免劳累以及饮食清淡，同时还要避免和他人发生密切接触，以免造成传染。