藤黄健骨丸的主要成分有熟地黄、鹿衔草、骨碎补、淫羊藿、鸡血藤，其中熟地黄能够滋补肾阴，骨碎补和淫羊藿可以补肾助阳，鹿衔草和鸡血藤具有补肝肾、强筋骨的作用，诸药合用具有补肾、活血、止疼的功效。
藤黄健骨丸还可应用于颈椎病、增生性关节炎、大骨节病，以及跟骨刺等疾病的治疗，治疗机制主要是促进成骨细胞的成骨，抑制破骨细胞的骨质破坏，从而使骨形成大于骨吸收。
另外，藤黄健骨丸还有类似于拮抗雌激素的作用，可以增加骨钙素保护其组织，治疗骨质疏松，从而达到治疗效果。