胆囊结石的疼痛主要出现在右上腹，有部分患者表现为中上腹。因为疼痛位置是胆囊的体表定位点，其位于右上腹肋缘下腹直肌外侧缘，这个位置进行压迫，如果出现疼痛需要考虑胆囊炎的可能，而胆囊炎结石引起疼痛是因结石导致胆囊炎症，会刺激胆囊相应的神经，而在该部位升压，如果触碰到有炎症的胆囊就会引起疼痛。所以，胆囊结石出现疼痛的位置，也就是在于体表定位点。但有部分患者会出现牵涉痛，表现为右侧肩背部疼痛，主要原因是内脏神经与肩背部的躯体神经共同汇入同一个脊髓节段，该脊髓节段形成交叉有可能误认为，同时出现右侧肩背部的放射性疼痛，但整体胆囊结石疼痛部位以右上腹为主。
很多胆囊结石的患者，常无法区分胆囊疾病和胃部疾病，相对胃部疾病的症状会偏左些，而胆囊疾病引起的疼痛会偏右，根据疼痛部位可以进行鉴别，但最主的鉴别是要通过相应影像学检查明确具体的疼痛原因，并不能单纯通过疼痛位置判定是哪个脏器的问题。