化脓性扁桃体炎主要采用药物和手术治疗的方法，化脓性扁桃体炎主要就是由于细菌感染，有时候混合病毒感染而诱发的。大多数情况下可以采用抗生素进行治疗，首选的就是青霉素类和头孢类抗生素。如果使用口服抗生素症状不明显，也可以给予静脉滴注抗生素的方法，同时可以酌情加用糖皮质激素进行治疗。
局部可以使用口服生理盐水含漱或者用漱口液进行漱口治疗，同时还可以采用中草药、中成药进行治疗，使用清热解毒、消肿止痛的中药治疗。对于扁桃体炎引起的咽周脓肿或者扁桃体周围炎的患者，要及时做扁周脓肿的切开引流释放出脓液。对于反复发作的化脓性扁桃体炎，待症状缓解后要做扁桃体切除术进行治疗。