尿道支原体感染为非淋菌性尿道炎，主要临床表现为排尿时疼痛，以及尿道内有分泌物，但是症状较淋病轻，两种症状同时存在或者只有尿道分泌物，尿道分泌物的特点为分泌物稀薄、量少、浆液性或者稀薄脓性，自行流出的少，常需要手挤压尿道才能够溢出。晨起尿道口少量的黏液性分泌物，有时仅表现为痂膜封口或者裤裆污秽，尿道口稍红，女性表现为女性生殖系统的问题。
非淋菌性尿道炎如果持续存在，可以发生很多并发问题，在男性常并发附睾炎、慢性前列腺炎、精囊炎，而在女性可能会出现子宫内膜炎等问题。由于发病缓慢、症状不典型，非淋菌性尿道炎通常被误诊或者迁延治疗。