红霉素软膏属于皮肤科外用非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用比较安全。上市后的不良反应报告显示，此药偶见刺激征状和过敏反应，对红霉素软膏过敏者禁用。如果用药部位有灼烧感、瘙痒、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净，必要时向医生咨询。
药物使用过程中避免接触眼睛及其他黏膜，以免产生刺激反应，孕妇以哺乳期妇女应在医生指导下使用。此药不建议长期使用，以免增加不良反应发生的频率和程度，甚至有可能造成细菌耐药的发生，为今后的治疗造成困难。如正在使用其他药物，为防止发生药物相互作用影响治疗，建议用药前咨询专业人士。