肠系膜上动脉血栓，主要的病因是身体内动脉硬化引起的。治疗方法比较多，大体上分为两种，包括手术治疗和非手术治疗。
非手术治疗的方法分为抗凝和溶栓两种，但是仅适合于肠系膜动脉血栓比较轻的患者，使用尿激酶和链激酶溶栓是主要使用的药物，抗凝治疗主要以肝素等药物为主。
如果肠系膜上动脉血栓患者症状非常重，需要进行手术治疗。手术治疗需要切开腹部，进行肠系膜血管的手术，以免患者出现肠坏死，可以将肠系膜上动脉血栓的部位切除，使用自体静脉进行搭桥转流手术，或对肠系膜上动脉血栓进行内膜剥脱手术。