卵巢囊肿的治疗有几种不同的方法，具体如下：
第一、要判断卵巢囊肿的性质，大多数的卵巢囊肿是卵巢生理性囊肿，一般是卵巢分泌的激素造成的。 卵巢生理性囊肿一般发生于月经后半期，在下次月经结束后，复查B超，往往卵巢生理性囊肿会消失，因此这样的卵巢囊肿不需要治疗，可以在1-2个周期后，在月经刚刚结束时，做超声复查，如果超声下卵巢囊肿已经消失，说明是卵巢生理性囊肿，不需要治疗。
第二、另外一种卵巢囊肿是卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是常说的卵巢巧克力囊肿，一旦囊肿生长的较大，大于五厘米以上，或者出现了严重的痛经症状，或者卵巢囊肿有破裂的可能性，都需要进行手术治疗。手术可以进行腹腔镜下的微创治疗，术后还要进行巩固治疗，避免卵巢巧克力囊肿的复发。
第三、再有就是卵巢的炎性囊肿，炎性囊肿是由于盆腔的炎症所造成的，一般会给予消炎治疗，抗炎治疗两周之后往往症状会逐渐缓解，但是也要小心复发的可能性。