卵巢囊肿的治疗与卵巢囊肿的侧别没有关系，也就是与左侧还是右侧没有关系，而与卵巢囊肿的性质有关。卵巢囊肿最常见的是卵巢生理性囊肿，生理性囊肿发生在月经的后半期，当卵巢分泌的激素水平波动形成卵巢生理性囊肿之后，建议在2-3个月经周期之后，在月经刚刚结束的时候进行超声复查，如果经过超声复查，卵巢囊肿缩小或者消失，可以判断为卵巢生理性囊肿。卵巢生理性囊肿不需要进行治疗，往往可以自行消退。再有就是卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是我们常说的卵巢巧克力囊肿，卵巢巧克力囊肿的治疗方法多样，可以进行保守治疗，比如中药治疗来活血化瘀，有一部分卵巢巧克力囊肿会缩小，还可以采取口服避孕药治疗。另外，还可以进行手术治疗，当卵巢囊肿大于5cm或者引起较为严重的临床症状，就可以进行手术治疗。