理论上讲胃息肉通过药物治疗难以消除，有一些药物它的副作用可能会与息肉有关。比如长期服用抑酸的质子泵抑制剂，如雷贝拉唑、泮托拉唑这一类的药物，有可能会增加胃底腺息肉的发生率。
特别小的胃底腺息肉是良性的，可以不予处理，也可以内镜下用活检钳钳除掉，或者是氩气灼除。比较大的增生性息肉、炎性息肉，特别是腺瘤性的息肉，是需要内镜下给予处理的。
比较大的我们用内镜下的息肉切除术，比如用电圈套器把息肉整个都切掉。比较大的基底又比较广，用内镜下的黏膜剥离，用特殊的玻璃的刀，在内镜下把这个息肉去掉。
一般的息肉去掉之后，局部会形成一个溃疡面，即医源性的溃疡面，可以通过抑酸保护黏膜等，针对胃溃疡的治疗来促进这个黏膜的愈合。