肛瘘的治疗优先选择手术治疗方式，手术的方式根据肛瘘的类型区分。
如果是低位的单纯性肛瘘直接用瘘管切开术，Ⅰ期愈合率很高，如果是低位的复杂性肛瘘或者高位肛瘘，采用切开挂线术治疗，切开挂线术能保证肛瘘在切割的同时不会出现肛门失禁。
国外现在也有一些纤维蛋白胶或者肛瘘塞治疗肛瘘，相对的优点是痛苦比较小，但是复发率很高，目前国内因为价格因素，一般不列入常规治疗方式，所以手术依然是肛瘘的主要治疗方式。