乙肝大三阳携带者如果肝功能完全正常，没有肝炎的发作，合并脂肪肝，通常只需要低脂饮食配合运动来改善肝功能即可，并不会出现严重的肝功能损害。但如果乙肝大三阳携带者抵抗力下降，出现肝炎的发作，同时伴有脂肪肝，就可能导致转氨酶明显升高、肝功能损害。
这时要进行保肝治疗，并且要进行积极的抗病毒治疗，标准的抗病毒药物包括恩替卡韦和替诺福韦，能够有效的抑制乙肝病毒的复制。另外，也可以口服易善复进行保肝治疗，易善复对肝功能有改善的作用，并且能够有效的治疗脂肪肝，更加适合乙肝大三阳合并脂肪肝的患者。