对于绝经后的女性，原来的卵巢囊肿有可能会萎缩变小，而且还可能完全消失，这是因为有些女性的卵巢囊肿可能是由于卵巢分泌的雌、孕激素刺激导致的，在绝经以后卵巢就不再分泌雌、孕激素，所以卵巢囊肿在没有雌、孕激素的影响下，就可能会逐渐萎缩变小，最终就可能彻底消失。
对于围绝经期的女性，如果检查发现有单纯卵巢囊肿，而且囊肿又小于5厘米以下，没有血流信号，往往可以考虑暂时不做手术切除，而是顺其自然，定期复查彩超，观察囊肿的大小变化情况。如果在绝经前囊肿没有任何的长大，就可以不再做任何处理，而是等到绝经后半年以上，再次复查彩超，看囊肿是否已经萎缩或消失。