尿道出现阵痛首先是由于尿道内炎症刺激或尿道痉挛、尿道结石引起的。当人体免疫力低下或进行高危性行为后，可导致人体尿路感染细菌、淋球菌、衣原体、支原体等病原体，从而对尿道黏膜造成损伤，引起尿道出现阵痛。
其次，泌尿系肿瘤也会出现尿道阵痛，比如前列腺癌、膀胱癌，癌细胞扩散侵袭尿道，刺激尿道神经从而引起疼痛。还有某些良性疾病如尿道结石、尿道狭窄等，患者排尿困难引起尿道刺激性疼痛。
中医认为人体下焦湿热过多，湿热灼伤尿道也会出现尿道阵痛，出现尿道疼痛建议及时到医院泌尿外科进行相关检查，查明病因后在医生指导下积极进行治疗，不要耽误病情。