激光去除扁平疣确实会留下疤痕，扁平疣本身属于一种病毒感染后导致凸起于皮肤改变，选择使用激光烧灼会直接破损到真皮组织，在表皮恢复过程中纤维组织会排列混乱容易留下疤痕。如果想要防止留下疤痕，可以选择在激光烧灼的表面基本恢复正常后涂抹类人胶原蛋白硅凝胶，能够使排列混乱的纤维组织恢复到正常排列结构，从而能够预防留疤。也可以选择不用激光治疗扁平疣，可以用外用的重组人干扰素凝胶或者抗HPV蛋白辅料，能够破坏细胞壁结构而达到治疗的目的。如果扁平疣数量过多，可以选择使用扁平疣皮下埋入术，这种治疗手段的有效率并不是特别高，需要反复多次治疗才有效。