膀胱灌注时间过长对膀胱有一定的危害：
首先，药物本身就可以造成有化学性的膀胱炎，因为这些化疗药物对黏膜具有一定的刺激感，可以损伤黏膜，造成有黏膜充血、糜烂。所以患者经过长时间的膀胱灌注以后，会存在尿频、尿急或者存在小腹部疼痛，甚至不能憋尿的情况。
其次，长时间的膀胱灌注也可能会导致膀胱出现有挛缩的情况，尤其是使用卡介苗来进行膀胱灌注的患者，可能会引发有膀胱的结核，造成膀胱有效容量减少。患者会出现有严重的尿频，膀胱进一步挛缩可以造成有输尿管的相对狭窄，这时甚至可以产生右肾积水。
再次，长时间的膀胱灌注可以增加患有尿路感染的概率，每次灌注的时候都需要给予留置导尿，这样可以导致黏膜的破损或者导致急性膀胱炎，造成患者体温升高伴有出血等表现。