支原体感染后，男女患者的治疗用药一样。因为男女患者支原体感染的种类一样，最常见的为解脲支原体、人型支原体、生殖支原体，大环内酯类药物为首选药物。人型支原体对林可霉素敏感，但对红霉素耐药；与之相反，解脲支原体对红霉素敏感，但对林可霉素耐药。人型支原体对克林霉素敏感，而解脲支原体对克林霉素仅中度敏感。
伴随着抗生素的广泛应用，不可避免出现了耐药。一般来说，交沙霉素、强力霉素、美满霉素对支原体的敏感率都在90%以上，是治疗支原体的主要抗生素，必要时可根据药敏结果来选择抗生素。四环素也是常用的治疗支原体感染的药物，如四环素无效，还可以选择喹诺酮类抗菌药物，如左氧氟沙星、莫西沙星等。在治疗支原体感染时最好夫妻同治，以免反复感染。