南通医院排名靠前的有南通大学附属医院、南通市中医院、南通市第一人民医院等。其中南通大学附属医院拥有省医学重点学科4个，省级临床重点专科30个，医院首批通过国家卫计委干细胞临床研究机构认证，是国家高级卒中中心、中国胸痛中心、心衰中心、房颤中心、国家脑防委心源性卒中防治基地建设单位、江苏省孕产妇危急重症救治指导中心、江苏省新生儿危急重症救治中心和江苏省创伤救治中心。南通市中医院的外科为国家卫健委临床重点专科（中医专业）及国家中医药管理局重点专科；脾胃病科为国家中医药管理局重点专科建设单位；中医外科学和中医脾胃病学为江苏省中医药重点学科；脾胃病科、骨伤科、妇科，肺病科、肾病科为省重点专科。