巢湖医院中综合排名靠前的医院有安徽医科大学附属巢湖医院、巢湖市第二人民医院、庐江县人民医院等。其中，安徽医科大学附属巢湖医院是一家集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等功能为一体的三级甲等省管综合性医院，拥有省临床重点专科5个，消化内科、肾脏内科、血液内科、神经内科等是其重点科室。庐江县人民医院现有市级重点培育专科1个：普外科；市级重点学科特色专科6个：泌尿外科、呼吸内科、临床护理、医学检验科、心血管内科、神经外科；院级重点学科8个：骨科、胸外科、中医肛肠科、儿科、麻醉科、消化内科、医学影像科、重症医学科。