菏泽综合排名比较靠前的医院有菏泽市立医院、菏泽市中医医院、菏泽市第三人民医院等。 菏泽市立医院的风湿免疫科和血液内科为山东省临床重点专科，神经外科和消化内科为省级医药卫生重点学科；菏泽市中医医院是山东中医药大学非直属附属医院、省级“爱婴医院”，为山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医专等多家医学高等院校的教学医院，为全国中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地（临床培养基地）、山东省“西医学习中医”培训菏泽基地，中医类别国家医师资格考试实践技能考试基地。菏泽市第三人民医院是以治疗脑科、骨科疾病和医学康复为特色的三级甲等医院，医院设有内科、外科、精神科及康复医学科四大系统18个病区和医学检验、影像、心理治疗、功能检测等辅检科室，其中，精神科、神经内科、康复医学科是市级重点学科，神经外科、骨外科是市级重点学科创建科室。