自贡医院没有绝对的排行榜，相对较好的有自贡市第三人民医院、自贡市第四人民医院、自贡市第一人民医院等。 自贡市第三人民医院拥有国家级胸痛中心和高级卒中中心，省级重点专科有消化内科、肾病内科、心血管内科、胸外科、检验科，市级重点专科有骨科、儿科、耳鼻咽喉头颈外科、呼吸内科、护理学、神经内科、神经外科、康复科、眼科、药剂科。 自贡市第四人民医院是国家三级甲等综合医院、国家级爱婴医院、国家医疗器械临床试验机构、国家药物临床试验机构、国家级胸痛中心、国家级卒中中心等。该医院的骨科为全市综合医院首个省级重点学科，科技影响力排名全省第四，科技量值（STEM）进入中国医院百强。 自贡市第一人民医院是四川省卫健委确定的自贡、内江“医疗作战区”领头医院，建成四川大学华西医院紧密型专科联盟医院、自贡市医学科学院、解放军总医院远程医学中心。医院作为国家首批住院医师规范化培训基地、川北医学院非直属附属医院、四川卫生康复职业学院附属医院、西南医科大学、成都中医药大学和成都医学院教学医院。