哈尔滨的三甲医院较多，比较好的有哈尔滨医科大学附属第二医院、哈尔滨医科大学附属第一医院、哈尔滨医科大学附属肿瘤医院等。其中哈尔滨医科大学附属第二医院设有44个临床科室、16个医技科室，拥有国家新药临床实验研究中心、国家药品临床研究机构、省部共建教育部心肌缺血和诊疗技术重点实验室、黑龙江省器官移植中心。哈尔滨医科大学附属第一医院拥有心血管内科、神经外科、普通外科、神经内科、骨科、眼科、妇产科、传染科等一系列国内知名的重点学科。哈尔滨医科大学附属肿瘤医院设有黑龙江省消化道肿瘤、多发性骨髓瘤、乳腺癌、肺癌、结直肠肿瘤预防治疗中心和宫颈疾病、骨与软组织肿瘤、胃部肿瘤、肿瘤介入治疗等17个诊治中心。