阜阳市三甲医院有阜阳市人民医院、太和县人民医院、阜阳市第二人民医院、太和县中医院。 阜阳市人民医院是安徽省医疗区域中心，是阜阳市最大的三甲综合医院，2018-2020年连续三年在国家卫健委三级公立医院绩效考核排名中以A级居全国综合医院第一方阵，位列安徽省综合医院第6名、地市级综合医院第1名； 太和县人民医院是一所集医疗、急救、康复、保健、科研与教学于一体的三甲综合医院，全国综合医院中医药工作示范单位、省级文明医院、全国爱婴医院，连续多年荣登“中国县级医院百强榜”； 阜阳市第二人民医院是安徽首家、也是目前唯一一家三甲传染病专科医院，多项诊疗技术居阜阳市领先水平，是皖西北地区医疗、预防、教学、研究中心之一，医疗服务范围辐射周边省、市地区； 太和县中医院是全国县级第一家三级甲等中医院，曾先后4次被评为全国卫生系统先进单位，同时荣膺全国改善医疗服务典型案例医院等称号。