淮安市三甲医院较多，较好的有淮安市第一人民医院、江苏省淮安市第二人民医院等。其中淮安市第一人民医院是全市首家美国心脏协会心血管急救培训中心、全国首批罕见病诊疗协作网络医院，先后成功创建国家级胸痛中心、国家脑防委高级卒中中心，建有9个国家级基地、科研平台，6个省级基地、科研平台，拥有江苏省省级临床重点专科20个，肾脏内科成为省级临床重点专科建设单位。 江苏省淮安市第二人民医院拥有12个省级临床重点专科：肾脏内科、血液科、内分泌科、急诊医学科、呼吸与危重症医学科、普通外科、神经内科、康复医学科、神经外科、耳鼻喉科、骨科、肿瘤科；1个省级临床重点专科建设单位：消化内科；11个市级临床重点专科。