江苏省三甲医院较多，主要有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。其中南京医科大学第一附属医院是国家重大疫情救治基地、国家（江苏）紧急医学救援队承建单位，现有国家重点学科1个，国家临床重点专科19个，省临床医学研究中心5个，医学重点学科（实验室）13个，省级医疗诊治中心5个，省级专科（病）诊疗中心8个，省级临床重点专科34个。 南京鼓楼医院始建于1892年，是中国最早的西医院之一，其中国家重点学科、国家临床重点专科10个，省临床医学中心3个、省医学重点学科7个，医院的干细胞临床研究走在全国前列，严重脊柱侧弯矫形、骨关节置换及修复国际领先，体外受精联合胚胎移植技术（IVF）、消化内镜诊疗技术、达芬奇手术机器人治疗、小切口治疗复杂心脏病和心脏大手术技术、肿瘤免疫治疗、间质性肺疾病治疗技术等国内外领先。 东南大学附属中大医院是集医疗、教学、科研为一体的大型综合性教学医院，是教育部直属的国家“双一流”A类、“985工程”、“211工程”重点建设大学附属医院，也是江苏省首批通过卫生部评审的综合性三级甲等医院。该医院拥有重症医学、肾脏病学、心血管病学、血液病学等江苏省医学重点专科，以及普通外科、心血管内科、骨科、血液内科、急诊医学科、消化内科、肾脏内科、神经内科等27个江苏省临床重点专科。