玉溪市三甲医院较多，比较好的有玉溪市人民医院、玉溪市中医医院、玉溪市第二人民医院等。 玉溪市人民医院始建于1950年，逐渐发展成为集医疗、教学、科研、急救、预防、保健、康复为一体的三级甲等综合医院，医院拥有21个国家级住院医师规范化培训基地；成功申报省级博士后科研工作站并持续开展相应的工作等；玉溪市中医医院始建于1987年，逐步发展成为一所集医疗、教学、科研、预防、养生、保健、康复为一体的中医特色突出的三级甲等中医医院；玉溪市第二人民医院现已建设发展为集医疗、教学、科研、康复为一体的三级甲等专科医院，目前医院建成“玉溪市心理咨询与治疗中心”、“玉溪市精神疾病防治中心”、“玉溪市精神卫生医疗质量控制中心”三个市级专业（学术）中心等。