南京治鼻窦炎比较好的医院有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院等，可就诊于耳鼻喉相关科室。其中南京医科大学第一附属医院耳鼻喉科是国家首批住院医师规范化培训耳鼻咽喉科专业基地，在耳鼻咽喉-头颈外科领域医疗、教学和科研方面取得了长足的发展，2021年耳鼻咽喉科护理组荣获共青团中央和国家卫生健康委颁授的第20届全国青年文明号荣誉称号。南京鼓楼医院设有耳鼻咽喉内镜中心、临床听力检测中心、耳鸣和前庭功能诊疗中心和基础实验室。