呼伦贝尔市三甲医院较多，有内蒙古林业总医院、呼伦贝尔市人民医院、呼伦贝尔市传染病医院等。 内蒙古林业总医院是位于祖国最北端的国家三级甲等医院，是一所集医疗、教学、科研、保健、预防、康复、社区服务为一体的大型现代化综合医院。近年来曾先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”等荣誉称号。 呼伦贝尔市人民医院是一所综合性三级甲等医院。医院设有心内科、呼吸内科、消化内科、肾内科、急诊科、血液内科、风湿免疫科、肿瘤内科、内分泌科、儿科等科室，科室齐全。 呼伦贝尔市传染病医院是呼伦贝尔市唯一一所三级甲等传染病专科医院。