南平三甲医院有福建省南平市第一医院、中国人民解放军联勤保障部队第九〇七医院、福建省南平市人民医院等。 福建省南平市第一医院综合实力不断增强，目前已发展成为一所集医疗、科研、教学、预防、保健“五位一体”的大型三级甲等综合医院，医疗服务范围涵盖闽北并向四周辐射，服务人口300多万，是福建医科大学非行政隶属附属医院，第一批国家级住院医师规范化培训基地，上海市第一人民医院医疗集团成员单位。 中国人民解放军联勤保障部队第九〇七医院是一所集医、教、研、康复保健为一体的综合三甲医院，拥有精神卫生中心、呼吸内科中心两个战区级专科中心，皮肤病专科、骨科、烧伤科、介入血管科、口腔科等特色科室享誉军内外。 福建省南平市人民医院现已成为一所集医疗、教学、科研、急救、预防、康复和保健于一体，科室齐全、设备先进、服务优良，传统与现代相结合、特色浓郁的现代化大型综合性三级甲等中医医院。是福建省高等医学院校临床教学基地、福建省新药临床药理研究基地、福建省道路交通事故伤员施救和高考体检“定点医院”、闽北中医疑难病会诊中心。