赤峰市有很多所三级甲等医院，相对较好的有赤峰市医院、宁城县蒙医中医医院、赤峰学院附属医院等。赤峰市医院被自治区卫健委确定为医院全面质量管理控制中心、重症医学质控中心、心血管疾病介入质控中心，是赤峰地区的医教研中心、急诊急救中心、影像诊断中心、肿瘤治疗中心、护理质量控制中心和干部保健基地。 宁城县蒙医中医医院是一所集医疗、科研、教学、预防保健、康复、公共卫生管理于一体的三级甲等蒙医中医综合医院，承担着赤峰南部地区及毗邻省市县近100万群众的疾病诊治、健康保健任务。 赤峰学院附属医院的泌尿外科是国家临床重点建设专科，泌尿外科、口腔修复正畸科、心血管内科是内蒙古自治区临床医学重点学科，胸外科、神经内科和肿瘤内科是自治区重点学科。