内蒙古传染病医院有呼和浩特市第二医院、通辽市传染病医院等。 呼和浩特市第二医院是一所集医、教、研为一体，由中华人民共和国卫生部授予的三级甲等传染病专科医院。科室设置齐全，设备先进，主要诊治各型肝炎、肝硬化、肝腹水以及呼吸系统、消化系统、神经系统等各种常见疑难传染性疾病，并采用中西医结合治疗技术、人工肝支持治疗技术、腹水浓缩回输技术及腔镜下介入治疗技术，救治了许多重症肝病患者。 通辽市传染病医院是集医疗、教学、科研、预防和突发公共卫生事件应急救治为一体的多功能三级甲等传染病专科医院。目前设置科室有感染性肝病科、非感染性肝病科（收治酒精性肝病、自身免疫性肝病、药物性肝炎及原因不明肝病等），中西医结合肝病科、感染性疾病科、重症科（ICU）、肝肿瘤科、普外科、妇产科、结核科等9个病区，诊疗水平先进。