漳州三甲医院有漳州市医院、漳州市中医院等。其中漳州市医院按专科专病模式，主要设置有脑科中心、心脏血管中心、呼吸和胸部中心、器官移植中心、消化与腹部中心、创伤中心、肿瘤中心等，被国家卫健委授予“国际紧急救援中心网络医院”、“五星级高级卒中中心”、“中国高血压达标中心建设单位”、“中国心衰中心建设单位”，是国家心脑血管病联盟成员单位；漳州市中医院的实力和服务功能在本地区中医系统起到龙头引领作用，有国家临床重点专科1个，国家中医药管理局“十二五”重点专科2个，省级中医重点专科6个。