吉林市医院较多，包括吉林市中心医院、吉林市人民医院、吉林省吉林中西医结合医院等。其中吉林市中心医院烧伤整形外科为省级重点专科，心内科、病理科为省级特色专科。吉林市人民医院临床医技科室77个，消化内科是吉林省特色专科，拥有东北三省规模最大的消化系疾诊疗体系。吉林省吉林中西医结合医院设42个医疗医技科室，软伤科、心血管内科、神经外科、糖尿病科、骨科、风湿病科为省级中西医结合重点专科。