吉林省三甲医院有吉林大学第一医院、吉林大学第二医院、吉林大学中日联谊医院等。其中吉林大学第一医院拥有75个临床科室，5个门诊科室，8个医技、辅助科室，96个手术间，有国家级重点学科1个，国家临床重点专科建设项目17个，被评为第三批国家区域医疗中心输出医院；吉林大学第二医院心血管内科已成为吉林省介入心脏病学领域开展项目最多、病例最多、成功率最高的领头科室；吉林大学中日联谊医院的外科、泌尿外科、医学影像科、风湿免疫科是国家临床重点专科。