南京专治抑郁症的医院有南京脑科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院等。 南京脑科医院医学心理科在复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》位居第6名，是国内成立较早，历史悠久，配置合理，同时具有临床心理门诊、临床心理病区及临床心理实验室的专科机构，系国家临床重点专科（精神科）和江苏省重点学科（精神科）的亚专科、江苏省临床重点专科（临床心理科），南京市医学重点专科（临床心理专业），在国内享有盛誉。 南京医科大学第一附属医院心理科是省内综合性医院中最早建立的同类科室，主要以医学模式临床心理科门诊、失眠专病门诊的形式，采取心理评估、疏导和药物治疗相结合的手段，对于有需求的患者进行心理咨询或治疗。 南京鼓楼医院心理科主要运用生物-心理-社会模式，以药物与心理治疗相结合，中西医学和人文科学相互促进，让有心理、精神障碍患者获得有效治疗。