国内治疗肠道疾病比较好的医院有上海交通大学医学院附属仁济医院、北京协和医院、上海长海医院等，分别在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》消化病排名中位居第一、第二、第三。 上海交通大学医学院仁济医院消化学科是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、国家重点学科、上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床医学中心、上海市消化内科临床质量控制中心等。 北京协和医院消化内科是成立最早的专科之一，现已发展成为在国内外均很有影响的重点学科。消化内科的亚专业齐全、人才济济、临床和实验室技术实力雄厚，是一个高水平的消化病学、内镜学以及疑难重症的诊治中心。科内设有高水平的、面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心。 上海长海医院消化内科为国家临床重点专科，军队“2110”工程重点建设学科、上海市医学重点学科,是集医疗、教学、科研为一体的专业化科室。科室连续5年入围“全国最佳消化内科排行榜”前五名。