水飞蓟宾胶囊的副作用一般比较轻微，主要会有些轻微的胃肠道反应，比如恶心、恶逆以及腹痛等。但一般副作用与用药剂量、使用时间相关，用药剂量越大、使用时间越长，可能上述症状越重，发生频率越高。
所以在用药时，要根据具体情况具体来看，而且要考虑不同患者身体的耐受性也不一样，也就是个体差异。所以在用药时一定要在医院经过医生规范诊疗之后，明确有使用的适应症，比如慢性肝炎、脂肪肝、肝功能异常等，再考虑使用这个药。使用水飞蓟宾胶囊要在医生处方的指导下给予合适的剂量应用一段时间，保证用药的安全、有效。
但不排除个别患者用药后可能出现不能耐受的反应或症状，这是不能排除的，这种情况遇到后，要及时咨询药师，或到医院就诊。至少在医生指导下给予规范治疗，以使症状得到及时的改善、缓解。为了了解这个药，最好在用药前详细看说明书，在药师指导下用药。
