儿童肾病综合征大多数能根治，因为儿童的肾病综合征大部分都是单纯性肾病，病理类型都是微小病变型，这种病理类型的肾病综合征对激素非常敏感，而且应用激素治疗效果都非常好，治疗时需严格按照医嘱规范用药，尿蛋白转阴后逐渐减量停用激素。在激素应用的过程中要加强护理，避免儿童反复出现感冒、发烧或者是消化系统症状，一般应用激素后，肾病综合征能彻底治愈，如果保证三年以上没有出现肾病综合征的复发，可以认为肾病综合征已经达到了临床治愈。

极少数肾病综合征由于病理类型不好，不是单纯性肾病综合征，而是肾炎型肾病综合征，这时不单单有尿蛋白，还有血尿或者合并有高血压、持续的低补体血症、肾功能不全等。这种情况单纯用激素的效果治疗不佳，可能需要联合应用免疫抑制剂，在治疗过程中病情可能会出现频反复、频复发的情况。极少数儿童可能会出现病情反复迁延，甚至导致急性肾功能不全，肾病综合征可能不仅不能彻底根治，甚至会由于出现肾功能不全而导致肾功能衰竭。