甲减一般不能治愈，需终身进行甲状腺激素替代治疗，治疗目标是将血清TSH值和甲状腺激素水平恢复到正常范围，使得临床甲减症状和体征消失，从治疗开始到体征缓解、好转所需时间，取决于甲状腺激素缺乏程度和药物剂量补充强度。中重度甲减治疗后，早期反应是利尿2-4kg。若早期有低钠血症，血清钠水平会很快恢复；此后脉搏和脉压增加，食欲改善，便秘缓解；再之后是运动能力增加，深腱反射延迟消失，声音嘶哑缓慢减轻，皮肤、头发改善会相对缓慢。在个体以完全替代剂量开始，游离T4水平会在6周左右恢复正常，血清TSH水平恢复到正常时间相对较长，3个月左右时间可恢复正常。