非典型膜性肾炎是病理诊断，说明患者已进行肾穿刺活检，从而诊断出此疾病，通常指由原发性疾病引起继发性改变。如部分非典型膜性肾炎患者由乙肝引起，主要针对原发病进行治疗，可抑制乙肝病毒复制、改善水肿、对症治疗等。

并非轻易的进行激素和免疫抑制剂的治疗，因为可能造成急性肝功能衰竭等较严重的临床症状。如果继发于狼疮，治疗方法与原发性膜性肾炎类似，可以使用激素和免疫抑制剂治疗。所以非典型膜性肾炎治疗较复杂，需专业医生进行判断，结合临床表现选择合适的治疗方案。