两个月大的宝宝咳嗽、有痰，处理主要包括两方面，首先是针对咳嗽、有痰的症状进行对症治疗，然后针对引起咳嗽有痰的病因进行对因治疗，具体如下：

1、对症治疗：如果宝宝精神状态好，没有呼吸困难、气促，只是偶尔咳嗽、咳痰，可以先口服药物进行止咳化痰，必要的时候还可以配合雾化吸入药物，如雾化吸入乙酰半胱氨酸、氨溴索溶液进行化痰处理。如果经过治疗后症状好转，说明治疗有效。如果经过治疗后症状没有缓解甚至加重，建议及时到医院就诊；

2、病因治疗：如果是病毒感染引起的咳嗽、有痰，以对症支持治疗为主。如果是细菌感染引起的咳嗽、有痰，对症治疗同时还需加用抗生素进行抗细菌治疗。如果是支原体、衣原体等其它病原体引起的咳嗽、有痰，可以选用大环内酯类的药物对因治疗或者针对其它病原体治疗。