鼻咽癌放疗后均会有副反应，随着调强放疗的普及以及治疗精度的提高，副反应发生率已大大降低，程度也大大减轻，绝大多数患者可以耐受。副作用包括放疗副作用和同期化疗副作用，放疗副作用通常局限在治疗区域，与照射区域的大小和剂量相关，包括放射性口腔黏膜反应，表现为咽部疼痛、吞咽困难；放射性皮炎表现为皮肤色素沉着、脱皮甚至有渗出物；腮腺放射损伤主要表现为口干，后期可能出现软组织纤维化；还可能出现放射性中耳炎、听力下降等副反应。同期化疗的副反应主要包括胃肠道反应、骨髓抑制、脱发，以及损害肝、肾、心、肺等器官。

鼻咽癌放疗虽然会有副反应发生，但也有科学预防和处理的办法，其治疗较为安全。目前鼻咽癌放疗总的5年生存率约85%，因此不要因为担心副反应而放弃治疗。